Uns ist noch nicht so ganz klar, was Du genau meinst.
Die Sidescanraster kann man über die AT5-Exportfunktion "Raster AT5 Layer" direkt für eine Tiefenkarte generieren. Man muss dazu noch die Vektordaten extra generieren und dabei keinen Projektnamen o. ä. verwenden. Isobaths würden auch nicht oder nur mit hoher Transparenz gehen, weil diese über dem Raster liegen. Da Sidescanraster oft recht dunkel sind, sollten zudem die Isolinien hell (etwa weiß) gestaltet werden.
Uns scheint, Du willst vorher die Sidescanraster zuschneiden und zwar noch anders als es die RM Zuschnittwerkzeuge erlauben. Wenn dem so sein sollte, dann geht das nur mit externer GIS-Software als Zwischenschritt. Dazu müssten wir ein wenig recherchieren.
Haben wir alles korrekt verstanden?