Im Importfenster (da, bevor die Fehlermeldung kommt) kannst du die Option 'exclude zero depth' auch abwählen. Versuche das mal und schau, ob die betreffenden Tracks dann importiert werden. Wenn Tracks / Logdaten die Tiefe Null enthalten, werden sie sonst nicht importiert und erzeugen eine Fehlermeldung.
Wenn du die Tracks so importierst, kannst du nachsehen, ob die Tracks überhaupt Tiefendaten enthalten. Haben die Tracks Tiefendaten und nur einzelne Werte sind 0.0, dann werden sie immer importiert (soweit ich dies gerade mit einer csv Datei ausprobiert habe).