Machen wir mal ein bißchen Theorie (abgesichert durch viele Gewässeruntersuchungen):
In Mitteleuropa sind alle kleineren Seen ab 5 m und alle größeren ab etwa 8 m Wassertiefe zweimal im Jahr stabil beschichtet. Stabil heißt, dass eine echte Temperaturschichtung besteht, die einen Austausch der Wasserschichten, oben warm und unten kalt, weitgehend verhindert. Es gibt quasi nur einen Weg - Absinken von oben nach unten für alles was schwerer als Wasser aber weitgehend eigenunbeweglich ist.
Von den beiden Schichtungsphasen ist vor allem die im Sommer möglicherweise problematisch. Die Winterschichtung kann auch ein Problem werden, allerdings sind schneebedeckte Eisflächen viel gefährlicher.
Die Sommerschichtung ist deswegen relevant, weil im Tiefenbereich wegen der niedrigen Temperaturen wenig Primärproduktion stattfindet.
Je nach Nährstoffgehalt setzen in der Tiefenschicht zudem Zehrungsprozesse ein, die zu Sauerstoffmangel führen können bis hin zu toxischen Schwefelwasserstoffkonzentrationen. Wer in letzter Wasserschicht angelt, dem rosten regelrecht die Haken an, sofern nicht aus Edelstahl gefertigt. Fische meiden generell Zonen geringen Sauerstoffs, wenn sie können.
Bei hohen Nährstoffgehalten kann es aber auch in der oberen, warmen Zone zu Sauerstoffmangel kommen. Es gibt Gewässer, bei denen nur der obere Meter der Wassersäule Fischleben auf der Basis ausreichenden Sauerstoffgehaltes ermöglicht. Die Fische finden sich dann oberflächennah oder nur im Gelege. Solche Gewässer sind zudem meist dadurch geprägt, dass der Sauerstoffgehalt nachts sehr stark absinkt, tagsüber aber völlig in Ordnung erscheint. Am kritischsten ist meist der August.
Es geht aber noch extremer. Es gibt Gewässer, die so niedrige Sauerstoffgehalte haben, dass lt. Lehrbuch nur noch ganz wenige Arten da sein dürften. Klassisch sind Schleie und Karausche mit besonders hoher Sauerstoffmangeltoleranz (Gruppe der Karpfenartigen, ebenso Welse). Wenn Fische aber ausreichend Zeit haben, passen sie sich durchaus an. Selbst Fisch mit hohem Sauerstoffbedarf (Beispiel Barschartige) finden sich dann erstaunlicherweise immer noch. Haben Fische keine Anpassungszeit (gemeint sind Monate, Jahre), dann kann es so weit kommen, dass nur ganz wenige Arten überleben und sämtliche Raubfische wegsterben. Das alle Fische jedoch wegen Sauerstoffmangel sterben, ist sehr ungewöhnlich und deutet eher auf zusätzliche Faktoren hin (Giftstoffe ?).
Gerade im Sommer finden sich auch hohe pH-Werte, die durchaus zum Problem werden können.
Sehr selten, aber immerhin findet man im Binnenland Gewässer mit hohen Salzgehalten oder extrem tiefen pH-Werten. Auch dort finden sich charakteristische Verschiebungen im Artenspektrum, aber eben anders als bei Sauerstoffproblemen.
Gewässer mit sehr hohen Nährstoffgehalten (Fachbezeichnung polytroph, hypertroh) können hohe Gehalte an trübenden Partikeln enthalten. Diese zerstreuen Schallwellen und sorgen dafür, dass man erhebliche Schwierigkeiten hat, sein Echolot zu benutzen. Wie Luke schon richtig darstellte, muss man versuchen, Einstellungen zu finden, die sinnvoll sind. Man sollte dann froh sein, den Grund zu finden, Fischerkennung ist eher ein Bonus, der auch nicht immer klappt.