Das ist schon der richtige Weg, eigentlich. Leider funktioniert das Löschen vieler Punkte in RM nicht befriedigend. Bei einer bestimmten Punkteanzahl kann des Programm abstürzen. Alternativ kann man besser die Punkte einzeln löschen.
Eine Lösung ist in der nächsten RM-Version angedacht. Das Problem ist also bekannt. Dabei sollen möglichst noch mehr Auswahlmodi bestehen.
Wer ein bisschen firm ist, kann auch seine Logs aus RM direkt oder im IMC (notfalls sogar im alten Sonar Log Viewer) z. B. in csv umwandeln und dann die betreffenden Punkte auf der Basis einer räumlichen Auswahl zuschneiden. Dafür eignet sich z. B. QGIS (csv importieren, als shp speichern, zuschneiden, speichern/exportieren als csv). Das Ergebnis dann in RM importieren.
Wer noch cleverer ist, bringt sich sein "Clip"-Polygon aus RM gleich mit in QGIS.