Wie genau funktioniert das? Ich erstelle meine Karte mit einem Projekt namens "Nordsee". 
Die "Seamarks_Large.at5" und die "Seamarks_Medium.at5" werden nun umbenannt in "Nordsee_Large.at5"?  Und wo muss ich was in RM löschen und wieso?
Die im RM- Exportdialog zu sehende „Atlas Description“ bestimmt 
den internen Namen der 
AT5-Datei, unabhängig vom Dateinamen. 
Nur bei gleicher „Atlas Description“ können unterschiedliche AT5 
gleichzeitig im Gerät gesehen werden. 
Weiteres ist 
hier zu lesenIn meiner "RM-Karte" ist z.B. eine "Nordsee_Large.at5", darunter der Ordner ShadedRelief.
Tausche ich nun die "Nordsee_Large.at5" einfach mit der Seamarks aus? Was genau verliere ich an Informationen die in der "alten" bzw originalen Datei waren?
Nein wie erwähnt spielt der modifizierte Dateiname nicht die große Rolle, 
er ist aber zur Unterscheidung erforderlich, wenn als Ausgangspunkt 
mehrere gleichnamige Dateien vorliegen, etwa „Large.AT5“.
Eben mal versucht, im QGis mit den Rohdaten der Seamarks was zu machen, aber alle Points haben die gleiche Farbe und ein Standardsymbol
Das ist mir zu schwammig. Was wurde konkret gemacht? 
Es gibt für die Änderung von Attributen einige Quellen 
auch im Forum, ansonsten zu QGIS im Netz sowieso.
Als SHP kann ich die Seezeichen nicht ins RM laden, aber auch eine exportierte KML bekomm ich ja nicht rein.
Eine kml kann man z. B. in GPSBabel in eine „GPX XML“ umwandeln 
und dann diese in RM importieren. Allerdings macht das weniger Sinn, 
weil der Export dieser Daten wieder aus RM heraus zu keinem 
gewünschten Ergebnis führt, es werden lediglich die richtigen 
Attributfelder angelegt, aber immer das gleiche Symbol verwendet. 
Effektiver ist da die Bearbeitung des Shapes in einem GIS-Programm wie QGIS.