Funktioniert denn Dein NMEA-Netz, wenn die Batterie für den E-Motor nicht angeschlossen ist?
Falls ja: Da Du nur 2 Batterien hast, wird Dein NMEA auch aus der Starterbatterie gespeist, so wie Dein Echolot.
Bzgl. Erdung des Gebers: Es stellt sich generell die Frage, ob die Störungen durch die direkte Abstrahlung des E-Motors auf den Geber hervorgerufen werden oder ob der Geber evtl. Störfrequenzen über das Wasser empfängt bzw. sogar beides der Fall ist.
Ebenfalls ist leider nicht bekannt, ob das Geberkabel des Airmar geschirmt ist oder nicht und somit über diesen Weg Einstrahlungen erfolgen.
Direkt erden kann man den Geber nicht, weil es sich wohl um ein Plastikgehäuse handelt. Man könnte jedoch versuchen, den Geber in gewissem Maße abzuschirmen, also um den Geber herum eine Konstruktion erstellen.
Ein recht einfach zu bewerkstelligender Test könnte aus einem Gehäuse aus zum Beispiel einem kleinen Karton bestehen, welcher etwas größer ist, als der Geber. Den Karton halbwegs wasserfest machen (Gafferband oder mit Farbe streichen o.ä.) und außen Alu-Folie aufkleben. Die Alu-Folie würde ich zudem in eine möglichst chaotische Struktur bringen, also etwas knittern und stauchen usw., also ruhig eine recht dicke Schicht erzeugen. Dieses "Gehäuse" über den Geber stülpen, so dass nur die Unterseite offen ist und mit z.B. Kabelbindern etwas befestigen und zusätzlich das Geberkabel auf einer gewissen Länge mit Alu-Folie umwickeln.
Schnell fahren kann man damit zwar nicht, aber für einen Test sollte es halten.
Wenn diese Bastelei spürbare Verbesserungen bringt, könnte man solch eine Abschirmung in ordentlicher Form fertigen und z.B. Metallplatten und oder EMV-Abschirmgewebe zum Einsatz bringen.
Hierbei muss dann natürlich beachten, dass die Geberfunktion und das Strömungsverhalten nicht negativ beeinflusst werden.
Ein direktes Bekleben des Gebers wäre zwar evtl. auch eine Option, jedoch wegen der erforderlichen Wärmeableitung wohl nicht empfehlenswert.
Ergänzende Idee: Statt des Kartons könnte man auch eine Blechdose bzw. Blechschachtel oder ein leeres TetraPak verwenden.